BRMP lahir dari transformasi Badan Standardisasi Instrumen Pertanian melalui Peraturan Presiden Nomor 192 Tahun 2024 tentang Kementerian Pertanian yang memiliki tugas menyelenggarakan perakitan dan modernisasi pertanian.
Berdasarkan Permentan Nomor 02 Tahun 2025 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kementerian Pertanian, BRMP terdiri dari Sekretariat Badan dan 4 Pusat Perakitan dan Modernisasi. Organisasi Unit Pelaksana Teknis BRMP diatur dalam Permentan Nomor 10 Tahun 2025 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Lingkup Badan Perakitan dan Modernisasi Pertanian, yang terdiri dari 7 Balai Besar Perakitan dan Modernisasi, 15 Balai Perakitan dan Pengujian, 33 Balai Penerapan Modernisasi Pertanian, 1 Balai Pengelola Hasil Perakitan dan Modernisasi Pertanian, dan 2 Loka Perakitan dan Pengujian.
BRMP Kalimantan Timur merupakan 1 dari 33 BRMP provinsi seluruh Indonesia yang berlokasi di Provinsi Kalimantan Timur dengan wilayah kerja Kalimantan Timur dan kalimantan Utara. Memiliki 3 IP2TP berfungsi sebagai show window, pelestarian SDG, UPBS, Lokasi magang/PKL/Penelitian yaitu IP2TP Samboja, IP2TP Lempake dan KP.Sempaja